神經(jīng)科學(xué)的一個長期目標(biāo)是根據(jù)大腦的功能將大腦的許多細(xì)胞劃分為不同的類別。這些類別可以幫助研究人員了解導(dǎo)致行為和疾病的復(fù)雜神經(jīng)回路。但是，關(guān)于什么指標(biāo)應(yīng)該定義單元格的身份，人們幾乎沒有共識。

在一項新的研究中，一項在海洋生物實驗室的神經(jīng)系統(tǒng)與行為(NS&B)課程中部分誕生的合作測試了一種觀念，即細(xì)胞的身份只能由其表達的基因來描述。該研究發(fā)表在《美國國家科學(xué)院院刊》上，提倡一種更為“多模態(tài)”的方法來定義細(xì)胞身份。

通過使用流行且強大的RNA測序技能，研究人員可以獲得當(dāng)前細(xì)胞內(nèi)所有打開的基因的快照。但越來越清楚的是，這些策略可能在提供完整的細(xì)胞身份信息或代表隨時間變化的能力上受到限制。

NS&B講師Hans Hofmann，David Schulz和Eve Marder與他們的合作者一起對兩種基于RNA的流行方法進行了測試：單細(xì)胞RNA測序和定量RT-PCR。他們將這些技能應(yīng)用于了蟹類癌癥中兩個經(jīng)過充分研究的神經(jīng)簇-胃神經(jīng)節(jié)和心臟神經(jīng)節(jié)-使他們能夠?qū)⒒赗NA的方法的結(jié)果與其他已知的細(xì)胞同一性指標(biāo)進行比較。

他們發(fā)現(xiàn)，由完整的RNA譜或“轉(zhuǎn)錄組”產(chǎn)生的細(xì)胞身份與他們經(jīng)過多年觀察已經(jīng)匯編的現(xiàn)有細(xì)胞身份不匹配。實際上，基于細(xì)胞的整個轉(zhuǎn)錄組對細(xì)胞進行分類會產(chǎn)生“混亂的”特征。

然而，隨著研究人員進一步完善關(guān)鍵基因的選擇，并將其輸入到分析中，RNA圖譜開始與從其他屬性(如神經(jīng)支配模式、形態(tài)學(xué)和生理學(xué))收集到的特征更接近。因此，這種多模態(tài)方法有可能比RNA測序更準(zhǔn)確地描述細(xì)胞類型。

霍夫曼認(rèn)為，大多數(shù)研究都不會費心用其他細(xì)胞身份指標(biāo)(如形態(tài)學(xué)和生理學(xué))來驗證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。他說：“細(xì)胞類型的分類和表征通常是在特定研究的背景下進行的，而不是基于系統(tǒng)的方法?！?“我們確實必須收集很多額外的數(shù)據(jù)，甚至跨物種，以得出可靠的細(xì)胞類型分類法。”

Schulz補充說：“ RNA測序前景廣闊且功能強大，這項研究提供了寶貴而必要的檢查，不是完全依賴盲目地應(yīng)用于單元格類型的分析，更重要的是盡可能考慮多種信息形式?！?/p>

霍夫曼(Hofmann)和舒爾茨(Schulz)一致認(rèn)為，這種技巧是知道哪些數(shù)據(jù)指示細(xì)胞類型，哪些數(shù)據(jù)僅僅是干擾準(zhǔn)確分類的噪聲。

研究人員還必須就“細(xì)胞身份”的定義達成共識。在單元類型之間劃分嚴(yán)格的界限在很多方面都很有用，但也可能會有問題。舒爾茨說：“很快，我們將開始看到試圖對個體內(nèi)部和個體之間的細(xì)胞類型譜強加非常離散的類別的局限性?！?/p>

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